Fatih Sultan Mehmed İstanbulu fəth etdikdən sonra şəhərin hərbi yolla alınmasına baxmayaraq, xristianların burada yaşamasına icazə vermiş, hətta qaçıb gedənlərin geri qayıtması üçün xüsusi səy göstərmişdi. Həmçinin bir çox Bizans yunanı istər İslamı qəbul etsin, istərsə də etməsin, Osmanlı İmparatorluğunun dövlət qulluğuna qəbul edilmişdi.
Bundan əlavə, Fatih "Gennadius" ləqəbli patriarx seçilən Georgios Skolarios ilə Pammakaristos monastırında (indiki Fəthiyyə məscidi) xristianlıq əqidəsi üzərində teoloji müzakirələr aparmış və bu debatı yazıya aldırmışdı. Bu hadisə Qərbdə müxtəlif şayiələrin yayılmasına yol açmış və sultanın xristianlığa meyil etdiyi barədə iddialar irəli sürülmüşdü.
Hətta Roma Papası II Pius 1461–1464-cü illər aralığında Fatihə ünvanlanmış bir məktub yazaraq, bir neçə damla su ilə vəftiz olunacağı təqdirdə bütün dünyanın hökmdarı olacağını bildirmiş və onu xristianlığı qəbul etməyə çağırmışdı. Həmin məktub və guya sultanın verdiyi cavab hələ Fatihin sağlığında, 1475-ci ildə İtaliyanın Trevizo şəhərində nəşr edilmişdi. Lakin həqiqətdə bu məktub heç vaxt Fatihə çatdırılmamış, sultan da ona heç bir cavab verməmişdi; məktubu yazan Papa Fatihin adından uydurma bir cavab mətni quraşdırmışdı.
Fatihin İstanbulun fəthindən sonra yerli pravoslavlara qarşı xoş münasibət göstərməsi onun yüksək dözümlülüyündən və xristian dünyasında mövcud olan ikitirəliyi, parçalanmanı davam etdirmək siyasətindən qaynaqlanırdı. Geniş intellektual düşüncəyə və dünyagörüşünə sahib bir hökmdar kimi o, idarə etdiyi cəmiyyətin etiqad etdiyi dini daha yaxından tanımağa çalışırdı.
Bəzi iddialarda isə Fatihin anasının xristian olması səbəbindən bu dinə maraq göstərdiyi irəli sürülür. Məlumdur ki, atası II Muradın həyat yoldaşlarından biri Serbiya kralı Corc Brankoviçin qızı Mara Despinadır. 1435-ci ildə II Muradla evlənən Mara dinini dəyişməmiş və ömrünün sonunadək xristian olaraq qalmışdı. Fatihin Salonikdəki Kiçik Ayasofya monastırını və ətrafındakı torpaqları ona bağışlayarkən ondan "xristian qadınlarının ən ucası anam Despina Xatun" deyə bəhs etməsi onun doğma anası olması kimi yozulmuşdu. Lakin bu yanaşma kökündən yanlışdır. Çünki Fatih Sultan Mehmedin doğma anası Hüma Xatundur və o, oğlunun taxta çıxmasından əvvəl, 1449-cu ildə Bursada vəfat etmişdir.
